工場（生産）場所の違い
S2 シリーズは U.S.A.製、SEシリーズは アジア製
S2シリーズはアメリカの自社工場で製造されています。ここでは、PRSの最先端技術と豊富な経験が活かされ、高品質な製品が生産されています。
一方、SEシリーズ（Hollowbodyモデルを除く）のエレキギターはインドネシアの専用工場でOEM生産されています。この工場では、PRS独自の技術やノウハウがふんだんに取り入れられており、PRSらしい仕上がりを実現しています。
ボディアーチ加工の違い
S2シリーズはAsymmetric Bevel仕上げ、SEシリーズはShallow Violin仕上げ
弾き心地に影響するコンター部分（肘が当たる場所）の仕上げについては、S2シリーズは広い面積でボディエッジを深く落とし込んであります。SEシリーズは浅くアーチを描いた感じの仕上げになっています。
メイプルトップの構成の違い
S2シリーズはセンター２ピース、SEシリーズはメイプルトップ上にフレイムメイプルの化粧板
メイプルトップ＆マホガニーバックのモデルの場合、メイプルトップ材はS2、SEシリーズのどちらも１センチ半ばの厚みがあり、このモデルのサウンドに貢献しています。
木目については、S2シリーズは控えめな木目の個体が多く、SEシリーズははっきりした木目の個体が多いです。
また、バック材のマホガニーは、S2シリーズは１ピースの個体がほとんどで、SEシリーズは２～３ピースの個体となっています。
ネック材の構成の違い
S2シリーズはスカーフジョイント、SEシリーズは3ピース
ネックはピッキングのニュアンスや音の抜け方やサウンドに大きく影響する大事な部分です。さらに弦の張力に負けない強度も必要となりますので、ギター全体でも非常に重要な部分となります。
S2シリーズの場合は、上位機種と同じ場所で製作されていることもあって、より上質なネック材を使用することが出来ます。加工方法はスカーフジョイントと呼ばれるもので、ネック付近で木材をカットして向きを変えてネックの製作を進めていきます。この加工は、削る量が少なく木材を無駄にしないのでコスト面でもメリットがあります。また同じ木材で1つのネックが製作されるのでサウンドや鳴りのバランスも引けを取りません。
SEシリーズの場合は、スカーフジョイントのモデル(SE Silver Sky etc.)もありますが、大体は3ピース構成となっています。これによってネックの強度を高めています。
塗装の違い
S2シリーズはラッカー塗装、SEシリーズはウレタン塗装
塗装の種類と厚みはサウンドやギターの鳴りに大きく関係していて、薄くて硬くて、透明感のある仕上がりを理想としています。S2の場合はCOREなど上位モデルと同様の極薄ラッカー塗装がされています。SEは硬いウレタン塗装がなされています。
ナットの違い
ナットは弦の接点としてサウンドやネックの鳴りに大きく影響します。S2とSEのナットはそれぞれオリジナルのものが使われています。机に転がした時の音を聴き比べてみると、S2のナットの方が芯のある太い音がします。
サウンドとパーツの違い
S2シリーズはU.S.A.製ピックアップ、SEシリーズはSE専用ピックアップ
2024年ごろまでは、同じモデルであればS2シリーズとSEシリーズは同様のピックアップが搭載されていました。しかし、S2シリーズのアップデートによって、現在は違うピックアップが搭載されています。
S2シリーズは上位モデルと同様に自社工場内で作られているU.S.A.製のものが搭載されています。SEシリーズはそのU.S.A.製ピックアップのキャラクターを元に設計・製造されたものが搭載されています。
同じタイプのピックアップでのS2とSEの違いについては、U.S.A.製ピックアップの方が解像度が高く豊かな倍音が出ていますので、よりニュアンスが出しやすいでしょう。
また、パーツ類についても、S2シリーズには上位モデル同様のペグやセレクター類が採用され、ハイエンドギター同等の操作性となっています。
店頭でこの違いを実感してみて下さい。
仕様比較表
ブログでもいろいろと書いていますのでご覧ください。